La Facultad de Odontología fue un sueño siempre anhelado por todos en la ciudad de Coronel Oviedo. En la década de los 90s el Dr. Justo Dionisio Balbuena Mernes soñaba contar con una Facultad de Odontología, y por más que varias veces fueron truncadas sus ideas, la voluntad y persistencia lo hicieron posible.
Odontólogos ovetenses iniciaron los primeros pasos para la creación de la carrera insertada en la novel Universidad; este paso fundamental hace que en el año 2009, bajo iniciativa del Dr. Pablo Martínez Acosta y miembros del Consejo Superior Universitario inicien los trabajos pensando en la creación de la Carrera de Odontología de carácter Nacional, con la colaboración innegable de todas las autoridades universitarias y políticas de la región, que cada uno desde su estamento, forjaron el logro posterior. 

En el año 2009, por Resolución Nº 17/2009 del Consejo Superior Universitario, con fecha 20 de Noviembre, nace la carrera de Odontología dependiente de la Facultad de Ciencias Médicas de la Universidad Nacional de Caaguazú, siendo el Decano el Dr. Carlos Alberto Cano Fleitas, y el Vicedecano el Dr. Octaviano Franco Saggia. El primer grupo de ingresantes inicia las clases en el mes de marzo del 2010 en la sede del Instituto de Formación Docente, a través del convenio interinstitucional con el MEC.

Al finalizar el año 2010 se crea por Resolución del Consejo Superior Universitario Nº 69/2010 de fecha 29 de diciembre, la Facultad de Odontología “Santo Tomás de Aquino”, siendo electas las primeras autoridades: como Decano el Dr. Ulises Armando Villasanti Torales, como Vicedecana la Dra. Ana María Benegas Ortíz, y como miembros del primer Consejo Directivo el Dr. Efraín Hernán Ávalos Cano, la Dra. Claudia Liliana Soto Godoy, el Dr. Julio César Osorio Leiva, el Dr. Luis Hernán Ibarra y la Dra. Lidia Cristina González.
A finales del 2015, se realizan los comicios para elección de nuevas autoridades, siendo electas como Decana, la Dra. María Gloria Martínez Blanco y como Vicedecano el Dr. Efraín Hernán Ávalos Cano.